안녕하세요. 법무법인YK입니다.
말씀주신 보건휴가의 경우 근로기준법 제73조에 해당하는 생리휴가로 이는 연차휴가와 별개입니다. 이는 무급이므로, 생리휴가를 사용한 날의 통상임금을 공제되게 되어 있습니다.
이에 기존에 승인을 받아 보건휴가를 사용하고 휴가를 갔다오셨는데 승인받은 것으로 인지하셨으나, 나중에 보건휴가 승인받지 않았으니 연차에서 제외한다고 하는 것은 근로기준법 위반사항이 될수 있습니다. 또한, 회사의 방침 등을 확인하려면 취업규칙 등 자료 확인이 필요합니다. 감사합니다.